La science naturelle de Francis Bacon, théoricien notamment de la dérive des continents, s'oppose à l'hypothèse transformiste de Charles Darwin. Cette opposition est intéressante car Darwin a lu Bacon et probablement été influencé par lui. Les mésinterprétations ou "lectures tronquées" de Bacon sont nombreuses - citons par ex. R. Descartes, aristotélicien et baconien incohérent, ou encore G. Bachelard plus près de nous.
L'intérêt est aussi que Bacon, savant chrétien, situe la Genèse dans le registre de la mythologie, c'est-à-dire non pas de la fantaisie, mais d'un récit qui ne doit pas être compris "littéralement" ; les travaux scientifiques de Bacon prouve par conséquent que les discours d'historiens des sciences soi-disant "laïcs" contre le "créationnisme" ou toute forme de contestation du transformisme ne sont que palinodies. C'est un mensonge d'affirmer que le "créationnisme" est tributaire d'une interprétation littérale de la Bible. Le mariage monogame à la mode en Occident, lui, est bien le produit d'une interprétation littérale de la Genèse, mais non la critique du transformisme darwinien.
De même, tous les darwiniens ne sont pas nazis ou capitalistes (certains théoriciens libéraux appuient leurs thèses économiques sur l'évolutionnisme), mais il est incontestable que l'idéologie nazie et l'idéologie capitaliste sont allées chercher une justification dans le darwinisme. Réduire le créationnisme à un fondamentalisme religieux a exactement la même portée critique que d'assimiler le darwinisme au nazisme ou au parti-pris capitaliste en faveur de la concurrence économique.
La science naturelle de Bacon est plus "globale" que celle de Darwin ou Lamarck, qui se focalisent sur les monstres (espèces apparemment bizarres ou dérivées). De l'observation de la faune et de la flore, Bacon déduit qu'à chaque continent correspond une faune et une flore typiques. Son explication de la variété des espèces n'est par conséquent pas "fonctionnelle", mais d'ordre cosmologique. L'influence conjuguée des différentes planètes n'est pas la même sur les différentes régions de la terre ; c'est ce qui explique la disparité des espèces. Le système de Darwin est, a contrario, un système plus fermé, d'interactions au sein d'une même espèce, entre les différentes espèces, entre les espèces et leur milieu, mais qui ne tient pas compte dans la naissance et l'évolution du vivant de l'influence des planètes, ce qui semble une hypothèse étonnamment "abstraite".
De plus Bacon fait observer la place très particulière de l'homme au sein de la nature, faisant observer qu'il est à la fois l'espèce la plus naturellement démunie (de défenses contre la nature), tout en étant l'espèce qui domine les autres espèces. Ce statut va à l'encontre de l'intuition transformiste, qui fait de l'homme un singe supérieur ou le terme de l'évolution. L'hypothèse transformiste de Darwin est centrée sur l'homme et moins globale.
Si dans certaines religions, dieu est conçu comme une sorte de démiurge ou d'artiste, de "grand architecte" (croyance de Voltaire) un peu abstrait, dans les régimes technocratiques où l'hypothèse de Darwin est souvent tenue pour une science bien établie, on n'est guère éloigné d'une religion de "l'homme démiurge". Or, non seulement ce type de culture n'a pas un fondement plus scientifique que l'idée du "grand architecte", mais la culture de l'homme-démiurge, artisan de son destin, est probablement un produit dérivé de l'hypothèse du "grand architecte" ou du "dessein intelligent". L'exemple du mathématicien Blaise Pascal est significatif ; en posant l'équivalence de dieu et d'un "point", signe mathématique pour marquer l'origine, B. Pascal donne la définition la plus anthropologique qui soit de dieu. Cette définition de dieu a l'avantage pour les élites religieuses d'enfermer dieu dans une définition fournie par les élites. Ce type de religion est typique du XVIIe siècle, et Voltaire a eu beau jeu de montrer que la religion de Pascal ne trouve aucun appui dans le nouveau testament chrétien.
Ces considérations religieuses ou culturelles passeront pour secondaires aux yeux des mauvais historiens de la science, ou de ceux qui en ignorent le processus et ses liens étroits avec la morale et la politique. En réalité, on peut parler d'obsession religieuse, non seulement scientifique, en ce qui concerne de nombreux savants qui passent aujourd'hui pour des pères fondateurs de la science moderne : Galilée, Descartes, Leibnitz, Newton, et bien d'autres encore, ne conçoivent pas la science distincte de la religion ; mais surtout, leur attitude ne diffère guère de celle des savants qui, aujourd'hui, ne conçoivent pas la science distincte de l'idéal démocratique ou de l'écologie, propos largement mystiques.